Die Gründung der Schlossanlage Schleißheim geht auf Herzog Wilhelm V. von Bayern (lebte 1548-1626) zurück, der im Jahre 1597 die in einsamer Moorgegend gelegene Schwaige Schleißheim mit ihrer Margaretenkapelle dem Freisinger Domkapitel für eine hohe Summe abhandeln konnte.

Herzog Wilhelm V. (reg. 1579-98) hatte in der von ihm erworbenen Schwaige Schleißheim 1598 ein schlichtes Herrenhaus errichten lassen, den sogenannten "Wilhelmsbau". Es bildete das Zentrum einer regelmäßigen Anlage, die sich nach und nach um mehrere unterschiedlich große Höfe entwickelte und erst unter seinem Sohn, Maximilian I., fertiggestellt wurde. Aus der ersten Bauzeit blieb bis heute der zentrale Tor- und Uhrenturm erhalten, dessen größere Schlagglocke 1602 datiert ist.

Das Neue Schloss entstand im Auftrag Kurfürst Max Emanuels, geplant als Residenz im Hinblick auf die erhoffte Kaiserwürde. Im Winter 1700/01 wurde unter der Leitung des renommierten Hofarchitekten Henrico Zuccalli mit der Realisierung des ursprünglich als Vierflügelanlage geplanten Schlosses begonnen.