Das Altonaer Museum befasst sich als eines der größten deutschen Regionalmuseen mit der Kunst- und Kulturgeschichte des norddeutschen Raumes und präsentiert die kulturhistorische Entwicklung der Elbregion um Altona, von Schleswig Holstein und der Küstengebiete von Nord- und Ostsee. Die Sammlung enthält Grafiken, Gemälde, Textilien, Spielzeuge sowie kulturgeschichtliche Objekte aus den Bereichen Kunsthandwerk, Schifffahrt, Leben und Arbeiten auf dem Land und in der Stadt.

Immer stärker verbindet das Altonaer Museum zudem mit seinen Ausstellungen und Veranstaltungen Themen aus der Geschichte mit den Perspektiven, die sich für die heutigen Bewohner ergeben und die deren Identität innerhalb Hamburgs bestimmen: Stadtentwicklung, Flucht und Migration, Inklusion. Dabei öffnet sich das Museum bewusst nach außen und kooperiert mit zahlreichen Verbänden und Initiativen.